virus

Proteiner på viruskapsidet kjenner igjen spesifikke molekyler på vertscellens overflate og binder seg til dem. Alle virus foretrekker noen bestemte typer verter eller vertsceller, på grunn av hvordan overflateproteinene passer sammen med reseptorene.

Virusets kappe eller kapsid smelter sammen med vertscellens cellemembran. I praksis er det vertscellen som sluker viruset inn i seg. Virusets innhold frigjøres når viruset smelter sammen med membranen på vertscellens lysosom.

Virusets kapsid brytes ned, enten av enzymer som viruset har med seg eller av enzymer i vertscellen. Dermed frigjøres virusets arvestoff inn i vertscellen.

Etter at virusets arvestoff er blitt frigjort, begynner prosessen med å transkribere eller translatere det. Denne prosessen er ulik hos DNA- og RNA-virus, men sluttresultatet er alltid at det dannes nye virusproteiner og nytt virusarvestoff.

De nyproduserte proteinene og arvestoffet pakkes inn, og nye virus er klare til å frigjøre seg fra vertscellen. Denne prosessen kan også kalles modning.

De nye virusene kan frigjøres på to forskjellige måter: enten ved cytolyse eller ved såkalt budding (utslusing). Cytolyse er en prosess hvor vertscellen ødelegges eller drepes av viruset. For eksempel dreper koppeviruset vertscellen sin. Hvorvidt vertscellen brytes ned eller ikke, kommer an på hvor mange viruspartikler som invaderer hver vertscelle.

Utslusing (budding) foregår ved at viruset trenger seg ut av cellen og snører av en del av vertscellens membran. Membranen som omgir viruset kalles virusets kappe. Influensa A-virus er et eksempel på virus som frigjøres gjennom utslusing. Disse virustypene dreper vanligvis ikke den infiserte cellen og kalles «cytopatiske virus».

Legemidler som brukes mot virus har utelukkende virostatisk effekt. Dette betyr at de bare forhindrer videre formering av virus. Virostatika brukes hovedsakelig til infeksjoner der immunsystemet til pasienten alene ikke er i stand til å utrydde viruset. Virostatika angriper forskjellige deler av virusets formeringssyklus. På grunn av virusets tette forbindelse med sin vertscelle er det ikke alltid mulig å treffe viruset uten å skade vertscellen. Dette kan gi bivirkninger hos pasienten.

Målet med å behandle med antivirale legemidler er å redusere symptomer og smittsomhet, og forkorte varigheten av sykdommen. Et eksempel på at legemidler kan brukes til å lindre en virussykdom er acyklovir (Valtrix) som kan lindre og forkorte herpesutbrudd.

Virucide legemidler, det vil si legemidler som kan uskadeliggjøre virus, finnes ikke tilgjengelige ennå, men det finnes desinfeksjonsmidler som ødelegger virus. Fordi det er så vanskelig å behandle virusinfeksjoner med legemidler når de først har utviklet sykdom, er fortsatt forebygging med god hygiene og vaksinasjon et viktig tiltak mot spredning av virus.

I senere tid har man også oppdaget nye organismer som kan forårsake sykdom som ikke passer helt med definisjonen på virus, men som heller ikke passer med noen andre organismer. Disse kalles prioner, viroider og virusoider.

• Prioner er de mest kjente fordi de står bak sykdommer som Creutzfeldt-Jakobs sykdom og skrapesyke. Prioner er en type protein som kan forårsake sykdom og som kan gjøre andre proteiner til sykdomsbærende proteiner. Prioner har ikke kapsid.
• Viroider er små RNA-molekyler med stavlignende utseende og har heller ikke kapsid rundt seg.
• Virusoider ligner på viroider, men er avhengig av virus for å formere seg.

• Les mer om prionsykdommer.

I 1962 ble en taksonomi av virus («LHT-systemet») introdusert av André Lwoff, Robert W. Horne og Paul Tournier, basert på Carl von Linnés binære klassifikasjon av levende organismer. Denne taksonomien inkluderer følgende nivåer (eksempler på navneendelser for taksa i parentes):

1. Phylum: Vira
2. Subphylum (…vira)
3. Klasse (…ica)
4. Orden (…virales)
5. Familie (…viridae)
6. Underfamilie (…virinae)
7. Slekt (…virus)
8. Art

Dette innebærer også en tildeling til (ikke-taksonomiske) grupper som er basert på vertsorganismene:

• Prokaryoter: infeksjon av fager
• Bakterier: infeksjon av bakterievirus (bakteriofager)
• Archaea: infeksjon av arkeavirus («arkeofager»)
• Alger, sopp: infeksjon av mykovirus
• Planter: infeksjon av plantevirus (fytovirus), også ved viroider
• Dyr: infeksjon med dyrevirus

De fleste virus tilhører bare én av de ovennevnte fire gruppene, men i familiene Rhabdoviridae og Bunyaviridae finnes det virusarter som infiserer både planter og dyr.

Noen virus formerer seg bare i virveldyr (vertebrater), men overføres også mekanisk av virvelløse dyr (invertebrater), spesielt av insekter. Virus som er avhengige av å bruke gener fra andre virus (som Mamavirus) under felles infeksjon av en vertscelle, kalles satellittvirus eller virofager.

Den internasjonale komité for taksonomi av virus (ICTV) har utviklet et system for å sikre en enhetlig taksonomi av virus. Den niende ICTV-rapporten definerer et konsept med virusarten som det laveste taksonet i et hierarkisk system av forgreinende virustaksa.

Den taksonomiske strukturen var frem til 2017 i prinsippet som den konvensjonelle virusklassifikasjonen fra rangstadiet orden og nedenfor (se ovenfor), og ble i 2018 supplert med ytterligere nivåer som følger (med navneendelser som avviker fra LHC-systemet):

1. Rike (…viria)
2. Underrike (…vira)
3. Overgruppe (…virae)
4. Undergruppe (…virites)
5. Avdeling (…viricota)
6. Underavdeling (…viricotina)
7. Klasse (…viricetes)
8. Underklasse (…viricetidae)
9. Orden (…virales)
10. Underorden (…virineae)
11. Familie (…viridae)
12. Underfamilie (…virinae)
13. Slekt (…virus)
14. Underslekt (…virus)
15. Art (…virus)

Det er ingen definisjoner av underarter (subspecies), stammer (i betydningen varianter, som «bakteriestamme», engelsk: strain) eller isolater i disse retningslinjene. Navneendelsene på alle rangnivåer inneholder således «vir» som bestanddel (men ikke i formen «viroid»); forkortelsene slutter på «V», eventuelt etterfulgt av et nummer (ikke romertall, men arabiske tall).

For viroider, viriformer og satellitter som subvirale partikler, kan en analog taksonomi med egne navneendelser med karakteristisk bestanddel brukes.

Baltimore-klassifiseringen er basert på om virusets genom foreligger som DNA eller RNA, og hvordan dette blir omdannet til budbringer-RNA (mRNA). Klassifiseringen ble foreslått av nobelprisvinneren og biologen David Baltimore.

Virusgenomet kan være i form av DNA eller RNA, enten enkelttrådet (engelsk: single-stranded, ss) eller dobbelttrådet (engelsk double-stranded, ds). En enkelttråd kan foreligge som original (engelsk: sense, +) eller i komplementær form (engelsk: antisense, −). Under visse omstendigheter blir et RNA-genom midlertidig omdannet til DNA (retrovirus) eller omvendt, et DNA-genom blir midlertidig transkribert til RNA (pararetrovirus). I begge tilfeller blir RNA-et med en revers transkriptase (RT) tilbakeført til DNA.

De syv gruppene som definerer hele virosfæren er:

• I: dsDNA-virus (inkluderer adenovirus, herpesvirus, koppervirus)
• II: ssDNA-virus (+ tråd) DNA (inkluderer parvovirus)
• III: dsRNA-virus (inkluderer reovirus)
• IV: (+)ssRNA-virus (+ tråd) RNA (inkluderer picornavirus, togavirus)
• V: (−)ssRNA-virus (− tråd) RNA (inkluderer orthomyxovirus, rhabdovirus)
• VI: ssRNA-RT-virus (+ tråd) – RNA med DNA-mellomstadium (retrovirus) (inkluderer hiv-virus)
• VII: dsDNA-RT-virus – DNA med RNA-mellomstadium (pararetrovirus) (inkluderer hepadnavirus)

Moderne virusklassifikasjoner bruker en kombinasjon av ICTV og Baltimore.

Det offisielle internasjonale, vitenskapelige navnet på et virus er den engelskspråklige betegnelsen, som alltid også er den internasjonalt brukte forkortelsen, som ved Lagos bat virus (LBV). Denne forkortelsen brukes også uendret på norsk. Følgelig er forkortelsen for den norske virusbetegnelsen Lagos-Flaggermus-Virus også LBV.

I de engelske virusnavnene, som for eksempel ved West Nile virus, brukes vanligvis ikke bindestreker, og virus skrives med liten bokstav. Bindestreken dukker opp på engelsk bare ved adjektiver, som ved Tick-borne encephalitis virus eller Avian encephalomyelitis-like virus.

Foran numrene på subtyper står (som på engelsk) et mellomrom, ved forkortelsene en bindestrek, for eksempel Herpes simplex-virus 1 (HSV-1) og Humant Herpes-Virus 1 (HHV-1).

Siden 2021 foretrekker ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses) for virusarter en binær navnekonvensjon fritt etter Carl von Linné, likt som for levende organismer. Nye virusarter får som vitenskapelig betegnelse et binært navn, mens de gamle betegnelsene gradvis tilpasses. Siden ICTV ikke gir regler for trivielle navn på de ulike verdensspråkene, er disse ikke berørt.

I motsetning til den levende verden blir også navnene på de høyere taxa (som familie, orden, klasse, phylum (avdeling) og så videre) skrevet i kursiv. De blir vanligvis ikke oversatt.

I motsetning til dette blir betegnelser for subtyper (stammer – i betydningen engelsk strains) – og isolater) aldri satt i kursiv (heller ikke eventuelle inneholdende slekts- og/eller artsnavn på deres verter).

Når ofte brukte navn oversettes (som Coronavirus for Coronaviridae), blir disse betegnelsene ikke satt i kursiv. Siden taxa ofte i økende rang bare skiller seg ved endelsen (som Herpesviridae og Herpesvirales), oppstår det imidlertid ofte tvetydigheter ved bruk av tilpassede navn (her: Herpesvirus). Dette gjelder også for bruk av slike navn (for eksempel Coronaviruses for de mest fremtredende representantene som SARS-CoV-2).

Her er en oppdatert seksjon som gir en oversikt over de største virusfamiliene, inkludert eksempler på viktige virus innen hver familie.